在整個PCR體系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結(jié)合，不與其他非目的的DNA結(jié)合，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進行有效的延伸，可見引物設(shè)計好壞與PCR結(jié)果密切相關(guān)。
一、方法不同
1、普通pcr引物設(shè)計：引物的優(yōu)劣直接關(guān)系到PCR的特異性與成功與否。
2、熒光定量pcr引物設(shè)計：通過熒光染料或熒光標記的特異性探針，標記跟蹤PCR產(chǎn)物進行實時監(jiān)測反應(yīng)，利用與之相適應(yīng)的軟件對產(chǎn)物進行分析，計算待測樣品模板的初始濃度
二、原理不同
1、普通pcr引物設(shè)計：為了找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地擴增模板DNA序列。
2、熒光定量pcr引物設(shè)計：在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團，通過熒光信號不斷累積而實現(xiàn)實時監(jiān)測PCR全程，然后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。在實時熒光定量PCR中，對全程PCR擴增過程進行實時檢測，根據(jù)反應(yīng)時間和熒光信號的變化可以繪制成一條曲線。
三、注意事項不同
1、普通pcr引物設(shè)計：引物應(yīng)用核酸系列保守區(qū)內(nèi)設(shè)計并具有特異性。產(chǎn)物不能形成二級結(jié)構(gòu)。引物長度在15~30堿基之間。
2、熒光定量pcr引物設(shè)計：實時熒光定量 PCR 儀應(yīng)安放在濕度較低、灰塵較少、遠離水池的平穩(wěn)臺面上，不能有強光直射，室內(nèi)應(yīng)通風良好，無腐蝕性氣體
